Ο ναός ανήκει στην στην ενορία Κουτουλουφαρίου. Πρόκειται για έναν μονόχωρο καμαροσκεπή ναΐσκο που είναι αφιερωμένος στον Άγιο Νικόλαο και χτίστηκε τον 17ο ή 18ο αιώνα στα ερείπια μιας μεγάλης τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής του 6ου αιώνα. Ο μικρός ναός του Αγίου Νικολάου οικοδομήθηκε δίπλα από την αψίδα, στο κεντρικό κλίτος της βασιλικής. Η αψίδα του ιερού του κεντρικού κλίτους ήταν πεντάπλευρη και ημικυλινδρική εσωτερικά.

Η βασιλική είχε διαστάσεις 50,20 Χ 18,20 μ (χωρίς την αψίδα) και αποτελούνταν από τρία άνισα κλίτη, τα οποία χωριζόταν με στυλοβάτες και ανατολικά απέληγαν σε παστοφόρια. Στο νότιο κλίτος προεκτεινόταν (στα ανατολικά) πρόσκτισμα με αψίδα. Είναι δύσκολο να εντοπίσουμε τη χρήση του, καθώς στις μέρες μας καλύπτεται από τη θάλασσα, λόγω της καθίζησης που υφίσταται το ανατολικό και κεντρικό τμήμα της Κρήτης. Επίσης έχει εντοπιστεί νάρθηκας με τρία ανοίγματα προς τον κυρίως ναό, αλλά και αίθριο που επικοινωνούσε με το νάρθηκα σε δύο ανοίγματα.

Εξωτερικά από τον βόρειο τοίχο του αίθριου παρουσιάζεται ένα ορθογώνιο κτίσμα που περικλείει άλλο τμήμα κτιστού κύκλου και πιθανολογείται ότι πρόκειται για φάρο ή πύργο. Στο νάρθηκα και το βόρειο κλίτος εντοπίστηκαν τάφοι. Τα δάπεδα του νάρθηκα και του κεντρικού κλίτους της βασιλικής κοσμούνταν με ψηφιδωτά τα οποία σήμερα σώζονται αποσπασματικά.

Ο σύγχρονος ναός του Αγίου Νικολάου είναι πετρόχτιστος με ξύλινο τέμπλο που κοσμείται με σύγχρονες εικόνες – όλες του 2011 - της Γλυκοφιλούσας, του Παντοκράτορος και του Αγίου Νικολάου.

Βόρεια του ναού υπάρχει μεταγενέστερη προσθήκη ενός μικρού δωματίου, που λειτουργεί ως βοηθητικός χώρος. Στον προαύλιο χώρο του ναού σώζονται τμήματα από τα ψηφιδωτά της βασιλικής αλλά και αρχιτεκτονικά μέλη.

Αρχιτεκτονική: Ναΐσκος που ακολουθεί τον τύπο της βασιλικής
Χρονολόγηση: 17ος μ.Χ..
Τοποθεσία: Λιμάνι Χερσονήσου, ανατολική πλευρά, περιοχή Βίγλα ή Βλιχάδα
Ημερομηνία Εορτής: 6η Δεκεμβρίου
Αγιογραφίες: ΟΧΙ
Προσβασιμότητα : Εύκολη
Ώρες Λειτουργείας: Κλειστός. Οι επισκέπτες θα πρέπει να επικοινωνούν με τον ιερέα της ενορίας Κουτουλουφαρίου Μιχαήλ Αγαπάκη στο τηλέφωνο 6977984072