Το σπήλαιο του Σκοτεινού βρίσκεται στο Δήμο Χερσονήσου,23 χλμ. ανατολικά του Ηρακλείου και 1 χλμ. βορειοδυτικά του χωριού Σκοτεινό, στη θέση Χαλέπα, σε υψόμετρο 225μ. Το σπήλαιο στο Σκοτεινό είναι από τα πιο σημαντικά σπήλαια όλης της Κρήτης από σπηλαιολογική και από αρχαιολογική άποψη.

Από τα ανασκαφικά ευρήματα, επιβεβαιώνεται η λατρευτική χρήση του σπηλαίου από το 1900 π.Χ. τουλάχιστον ως τον 4ο μ.Χ. αιώνα. Στο υψίπεδο, στη θέση Χαλέπα απαντώνται αρκετά ερείπια οχυρώσεων και μινωικών κτισμάτων από την Μεσομινωική και Υστερομινωική περίοδο, ενώ Μινωικές εγκαταστάσεις έχουμε στη θέση Αρκαλομούρι ανατολικά, όπως και στη θέση Πλατύς Σχίνος υπολείμματα τριών ή τεσσάρων σπιτιών, 300μ. νοτιοανατολικά του σπηλαίου, ίσως κατοικίες ιερέων.

Το σπήλαιο εξερευνήθηκε το 1933 πρώτα από τον Evans ενώ το 1962 πραγματοποίησε συστηματικές ανασκαφές ο αρχαιολόγος Κ. Δαβαράς που ανακάλυψε σε στρώμα τέφρας κομμάτια από αγγεία, κοκάλινες βελόνες, λύχνους και τρία χάλκινα ειδώλια υστερομινωικά που παριστάνουν λατρευτές στη γνωστή λατρευτική στάση χαιρετισμού, με το δεξί χέρι στο μέτωπο και άλλα ευρήματα που χρονολογούνται από την Μεσομινωική μέχρι την Ρωμαϊκή περίοδο.

Ένας άλλος ερευνητής και σπηλαιολόγος ο Paul Faure είχε διατυπώσει τη θεωρία ότι το σπήλαιο του Σκοτεινού ήταν ο περίφημος Λαβύρινθος του Μινώταυρου της Κνωσού, όπου ο θρυλικός ήρωας Θησέας, οδηγώντας τους 7 νέους και τις 7 νέες, σκότωσε το Μινώταυρο και κατάφερε χάρη στο μίτο της Αριάδνης να βρει το δρόμο της εξόδου. Πίστευε ότι το σπήλαιο ήταν ένας τόπος μύησης της νεολαίας, όπου τη Μινωική εποχή οι πιστοί λάτρευαν τρεις τουλάχιστον θεότητες, τη θεά- μητέρα, τη θεά-παρθένο κι έναν νεαρό θεό. Τα πρόσωπα και τα σώματα αυτών των θεοτήτων απεικονίζονται, στις μαυρισμένες μορφές των βράχων και των σταλαγμιτών του σπηλαίου (Πηγή: Paul Faure,1996, “Ιερά Σπήλαια της Κρήτης”).

Μέσα στο σπήλαιο, στο δεξί τμήμα της εισόδου, ξεχωρίζουν ακόμα τα απομεινάρια βυζαντινού μικρού ναού, των αρχών του17ου αιώνα αφιερωμένου στην Αγία Παρασκευή, μήκους 4,9 και πλάτους 3,7 μ, που καταστράφηκε από τους Τούρκους και ξαναχτίστηκε το 1840 μ.Χ. αυτή την φορά πάνω από το σπήλαιο. Σήμερα στον χώρο της εκκλησίας, υπάρχει μικρή πλατεία όπου γίνεται πανηγύρι στις 26 Ιουλίου.

Μόλις φτάσει κανείς μπροστά στην είσοδο του σπηλαίου εντυπωσιάζεται με τις αποχρώσεις σε πορτοκαλί, κόκκινο, μπλε και μαύρο των βράχων που ορθώνονται αμφιθεατρικά ολόγυρα. Η είσοδος στο σπήλαιο είναι αρκετά εύκολη, καθώς υπάρχουν σκαλοπάτια που οδηγούν μέσα στο στόμιο μιας μεγάλης καταπράσινης δολίνης (είναι βαθιές λακκούβες ή τρύπες που σχηματίζονται, από την υπονόμευση του εδάφους) όπου ανοίγεται το σπήλαιο. Το άνοιγμα του σπηλαίου είναι τεράστιο και προκαλεί δέος. Έχει συνολική έκταση περίπου 2.500τμ., εκ των οποίων τα 450μ. αποτελούν τουριστική διαδρομή. Έχει 170 μέτρα βάθος, 36 μέτρα πλάτος και ύψος έως και 47μ.

Μετά την είσοδο υπάρχει μια τεράστια μεγαλοπρεπή αίθουσα, ο “Μέγας Ναός” με μήκος 130μ., πλάτος 33μ. και ύψος 30μ, όπου υπάρχουν εντυπωσιακά συμπλέγματα σταλαγμιτών και σταλακτιτών που τα σχήματα τους θυμίζουν μορφές ζώων, ενδεχομένως αποτέλεσμα ανθρώπινης παρέμβασης. Επίσης υπάρχουν σε σταλαγμίτες λαξευμένες, δύο με τρεις γούρνες συγκέντρωσης νερού. Σ’ αυτές, μέχρι και σήμερα, συγκεντρώνεται το νερό που πέφτει από τους σταλακτίτες αφού η σταγονοροή συνεχίζεται. Στις γούρνες αυτές οι πιστοί έβαζαν τα χέρια τους μέσα και τα έπλεναν. Ήταν ένα είδος καθαρμού πριν κάνουν τις θυσίες τους. Η αίθουσα αυτή είχε λατρευτική χρήση και το κύριο πρόσωπο που λατρευόταν ήταν η θεά Βριτομάρτις, προστάτιδα των ψαράδων, που λατρευόταν στην Κρήτη.

Η επόμενη αίθουσα είναι ο “Βωμός” μικρότερη σε διαστάσεις (24Χ8.5Χ25) και υπάρχουν ενδείξεις, ότι στην αίθουσα αυτή γινόταν θυσίες. Υπάρχει επίσης σχισμή στο δάπεδο στην οποία οι πιστοί απέδιδαν προσφορές (λάδι, αίμα, γάλα) στην θεότητα.

Σχεδόν όλοι οι επισκέπτες του σπηλαίου σταματάνε εκεί την περιήγηση γιατί από αυτό το σημείο και κάτω απαιτείται η χρήση σπηλαιολογικού εξοπλισμού λόγω του δύσβατου του εδάφους. Παρακάτω υπάρχουν και άλλες αίθουσες με λατρευτικό χαρακτήρα όπως η αίθουσα του “Αδύτου” και η “Αίθουσα λατρείας” η οποία είναι μια αίθουσα μοναδικής ομορφιάς που μοιάζει με θόλο, με θεαματικό φυσικό διάκοσμο σε κάθε της εκατοστό και πανδαισία χρωμάτων. Ακολουθεί η “Αίθουσα προσευχής” και τέλος ανοίγεται ένας μικρός στενός θάλαμος που οι ντόπιοι το ονομάζουν “Εκκλησάκι”.