Το Σχολαρχείο βρίσκεται ανάμεσα στην Επισκοπή και το Σγουροκεφάλι, νοτιοανατολικά του Ν. Ηρακλείου, στον περίβολο του ναού του Αφέντη Χριστού. Ο μικρός μονόχωρος ναός λειτούργησε ως καθολικό μικρής μονής που ήταν μετόχι της Μονής Αγκαράθου.
Το μέρος έγινε περισσότερο γνωστό ως το Σχολαρχείο του Χριστού. Το 1882 ξεκίνησαν εργασίες ώστε να διαμορφωθεί και να λειτουργήσει η Ελληνική Σχολή (σχολείο που φοιτούσαν μαθητές μετά το Δημοτικό). Η λειτουργία του ξεκίνησε το 1885 και σχολάρχης κατά την περίοδο 1885-1889 ήταν ο Τίτος Ζωγραφίδης, ένας από τους πιο αξιόλογους και σπουδαιότερους ιεράρχες της εποχής που στόχευε πάντα σε οτιδήποτε ήταν ωφέλιμο πνευματικά, κοινωνικά και εθνικά για τον τόπο και τους ανθρώπους. Έτσι το σχολείο πολύ σύντομα απέκτησε φήμη σε όλη την επαρχία Πεδιάδος.
Κατά τη Σφαγή της Ανώπολης (1896) από τους Οθωμανούς υπέστη μικρές σχετικά ζημιές, επισκευάστηκε και συνέχισε να λειτουργεί έως το 1906, οπότε και η Κρητική Πολιτεία το έκλεισε λόγω έλλειψης μαθητών. Σήμερα διασώζονται μόνο ο βόρειος και νότιος τοίχος του Σχολαρχείου, καθώς τα υπόλοιπα κτίρια γκρεμίστηκαν για να διαμορφωθεί το πάρκο.
Στο προαύλιο του υπάρχοντα ναού βρίσκεται μνημείο για τον ηγέτη της Επαρχίας Πεδιάδος στις τελευταίες επαναστάσεις της Τουρκοκρατίας, Αντώνιο Τρυφίτσο, ο οποίος σκοτώθηκε μαζί με τα παλικάρια του στη μάχη της Επισκοπής στις 25 Ιουνίου 1897.
